Godzilla Minus Zero se passa dois anos após a guerra reduzir o Japão a zero e todos terem que reiniciar suas vidas. Agora, em 1949, o país finalmente conseguiu se recuperar e retomar sua vida cotidiana, mas a família Shikishima encontra uma nova ameaça capaz de provocar mais um estado de calamidade tão ruim quanto o anterior. Depois de um longo período tentando se agarrar a um pouco de esperança, toda uma nação vê ela ser esmagada em um instante. Sem possibilidade de retorno, dessa vez não terá terceira chance. Tudo termina aqui, independente dos resultados. O tempo será curto, mas determinante para decidir todo o futuro do país.