A história pouco explorada da infância de Jesus é contada nessa versão do diretor Lotfy Nathan com uma pegada de horror. Voltando até o século II d.C, Sombras no Deserto conta com a trama sombria de uma família que se esconde no Egito sob o controle do Império Romano. Os três vivem sob o medo de serem encontrados, fugindo de um passado que não pode ser revelado. O filho, conhecido apenas como “O Garoto”, duvida do seu guardião O Carpinteiro (Nicholas Cage) e revela poderes inexplicáveis e um destino fora do comum. Logo, o garoto desperta o medo e a adoração da comunidade onde vive com suas competências sobrenaturais. Enquanto ele usa e treina as habilidades que adquiriu, seu pai O Carpinteiro tenta controlar a natureza divina do jovem. Numa guerra interna entre os limites da fé e o amor paterno, a família vira alvo de situações horrorosas e confronta o sagrado e o desconhecido à medida que o dom do menino cresce.